L’aumônerie est constituée d’un prêtre, de religieuses et de laïcs.  Leur rôle est d’assurer l’éducation à la foi, à la vie spirituelle, la catéchèse et la vie liturgique.

En cours d’année, l’école organise des journées spirituelles et des temps forts de prière et de célébration à certaines périodes de l’année. Les élèves chrétiens se doivent de participer à ces temps de formation et d’expression communautaire de la foi.

Par ailleurs, l’école propose des activités sociales auprès des personnes démunies. Tous les élèves sont engagés à participer à ces activités.

Vie spirituelle et engagement social sont les deux volets d’une même formation qui aide les jeunes à découvrir et donner sens à leur vie.

A l’école de Sainte Jeanne-Antide, les élèves du cycle secondaire sont tenus d’assurer 100 heures de service social pour obtenir une attestation intitulée : « Amis de Sainte Jeanne-Antide », condition voulue pour recevoir  leur diplôme de Promotion.

Par cette attestation, toutes les écoles de la charité de Besançon, cherchent à stimuler les élèves à traduire concrètement, leur engagement au service des autres.